MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/5291 complete genome

Total Repeats: 2622

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020939	A	6	6	1797	1802	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020939	AAG	2	6	1814	1819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020939	TGG	2	6	1830	1835	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020939	CTT	2	6	1837	1842	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020939	T	7	7	1841	1847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020939	A	6	6	1852	1857	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020939	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020939	T	6	6	2233	2238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020939	TAA	2	6	2245	2250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020939	T	7	7	2255	2261	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020939	TC	3	6	2264	2269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020939	A	6	6	2327	2332	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020939	GCA	2	6	5649	5654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020939	A	6	6	5660	5665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020939	AGA	2	6	5676	5681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020939	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020939	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020939	CTT	2	6	6956	6961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020939	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020939	GA	3	6	7592	7597	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020939	A	6	6	7607	7612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020939	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020939	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020939	TTA	2	6	7748	7753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020939	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020939	GAA	2	6	7797	7802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020939	ATG	2	6	7833	7838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020939	A	6	6	9726	9731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020939	TTC	3	9	9771	9779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020939	ATC	2	6	9787	9792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020939	A	6	6	9811	9816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020939	GAA	2	6	9825	9830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020939	A	6	6	9881	9886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020939	TATT	2	8	9904	9911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020939	CCT	2	6	9925	9930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_020939	TAG	2	6	11786	11791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020939	AGAA	2	8	11796	11803	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020939	CTT	2	6	11836	11841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020939	TA	3	6	11842	11847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020939	TCA	2	6	11872	11877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_020939	AAT	2	6	13858	13863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020939	ACC	2	6	13869	13874	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_020939	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020939	TA	3	6	13932	13937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020939	ATT	2	6	13966	13971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020939	AAG	2	6	13983	13988	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020939	TTA	2	6	14009	14014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020939	AAGG	2	8	14031	14038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020939	AAG	2	6	14043	14048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020939	AAC	2	6	14127	14132	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_020939	TA	4	8	14156	14163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020939	CTT	2	6	15550	15555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020939	CAAA	2	8	16665	16672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020939	AG	3	6	18108	18113	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020939	GA	3	6	18121	18126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020939	GTT	2	6	18223	18228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020939	GAA	2	6	18967	18972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020939	AAT	3	9	19031	19039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020939	CT	3	6	19043	19048	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020939	TCT	2	6	19059	19064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020939	CTT	3	9	20485	20493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020939	T	6	6	20492	20497	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020939	T	6	6	20499	20504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020939	GAA	2	6	21010	21015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020939	A	6	6	21072	21077	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020939	AG	3	6	21109	21114	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020939	A	6	6	21147	21152	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020939	GGA	2	6	21204	21209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020939	AGA	3	9	21244	21252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020939	GA	3	6	21267	21272	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020939	TGG	2	6	21463	21468	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020939	AAC	2	6	21502	21507	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_020939	AGC	2	6	21519	21524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020939	AGG	2	6	21608	21613	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020939	TGA	2	6	21720	21725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020939	AG	3	6	21784	21789	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020939	TCC	2	6	21837	21842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_020939	CT	3	6	21853	21858	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_020939	CGCT	2	8	21861	21868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020939	TTAA	2	8	21882	21889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020939	GTTA	2	8	21919	21926	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020939	GATC	2	8	21974	21981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020939	AAT	2	6	22013	22018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020939	A	7	7	25153	25159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020939	TTA	2	6	25166	25171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020939	T	9	9	25181	25189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020939	GA	3	6	27105	27110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020939	CT	3	6	27112	27117	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020939	ACT	2	6	27120	27125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020939	A	6	6	27136	27141	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020939	T	7	7	27148	27154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020939	T	7	7	28462	28468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020939	TAA	2	6	28473	28478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020939	TC	3	6	28480	28485	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020939	ATTG	2	8	28531	28538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020939	AG	3	6	28563	28568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020939	AGA	2	6	28585	28590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020939	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020939	CTG	2	6	33713	33718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020939	GA	3	6	36976	36981	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020939	T	9	9	37010	37018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020939	CTT	2	6	37070	37075	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020939	AT	3	6	37078	37083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020939	CT	3	6	39345	39350	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020939	TAA	2	6	39408	39413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020939	T	6	6	39428	39433	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020939	AAG	2	6	39449	39454	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020939	A	8	8	40706	40713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020939	CT	3	6	40716	40721	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020939	T	6	6	40721	40726	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020939	CTC	2	6	40727	40732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_020939	AAG	2	6	40812	40817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020939	T	8	8	40902	40909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020939	CT	3	6	42908	42913	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020939	ATG	2	6	42968	42973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020939	GAG	2	6	42982	42987	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020939	T	6	6	43027	43032	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020939	T	8	8	43074	43081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020939	ACC	2	6	43126	43131	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_020939	A	6	6	43173	43178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020939	GA	5	10	43183	43192	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020939	A	7	7	43222	43228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020939	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020939	A	7	7	43243	43249	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020939	GAT	2	6	43267	43272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020939	AAG	2	6	43273	43278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020939	A	8	8	43311	43318	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020939	GGA	2	6	43325	43330	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020939	TAA	2	6	43423	43428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020939	TC	3	6	44399	44404	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_020939	TGTT	2	8	44408	44415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020939	A	8	8	44447	44454	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020939	T	7	7	44530	44536	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020939	TA	3	6	44552	44557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020939	AAG	2	6	44564	44569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020939	GGA	2	6	44608	44613	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020939	AATA	2	8	44647	44654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020939	ACT	2	6	44655	44660	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_020939	AAG	2	6	46506	46511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020939	AAGT	2	8	48569	48576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020939	TAA	2	6	48578	48583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020939	GAA	2	6	48594	48599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020939	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020939	AG	3	6	48634	48639	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020939	TGT	2	6	48653	48658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020939	T	9	9	49199	49207	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020939	GTC	2	6	49332	49337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_020939	AAG	2	6	49354	49359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020939	TAT	2	6	49383	49388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020939	T	8	8	49477	49484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020939	A	6	6	49528	49533	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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